특허침해소송도 특허침해자의 불법행위로 발생한 민사소송의 한 종류이다. 그러나, 교통사고 등에 의한 일반불법행위소송(이하 '일반불법행위소송'이라 한다)과 특허침해에 의해서 발생한 특허침해소송은 중요 쟁점 및 증거 구조 등에서 상당한 차이가 있다. 일반불법행위소송과 특허침해로 인한 불법행위소송을 대략적으로 비교해보면, 특허침해소송을 좀 더 쉽게 이해할 수 있을 것이다.

먼저 소송결과가 동종업체 및 관련 시장에 미치는 영향력의 차이 부분이다. 일반불법행위에 의한 민사소송은 양 당사자들만의 분쟁으로, 소송의 결과가 제3자에게 끼치는 영향은 아주 적기 때문에 당사자 이외에 일반공중은 이 소송에 아무도 관심을 가지지 않는다. 그러나 특허침해소송은 특허권자에게 독점 배타권이 부여되므로, 특허침해소송의 승패가 제3자에게 끼치는 영향이 상당히 크다. 예를 들어 특허침해소송에서 특허권자가 승소하면 동종업체들이 제조하는 유사 제품들 또한 특허침해를 인정받을 확률이 높아지므로 업계는 크게 긴장하게 된다. 또한, 특허침해소송에서 특허에 명백한 무효사유가 있다고 판단되면(단, 무효심판을 별도로 청구하는 것이 아니라면, 각 특허침해소송에서 무효주장을 해야 한다), 다른 특허침해소송에서도 무효주장이 받아들여질 가능성이 높아 동종업체는 이 특허를 자유롭게 사용할 수 있게 된다. 반대로 특허에 명백한 무효사유가 없다면 이 특허발명은 특허권자가 독점권을 유지하게 돼 특허권자 이외에 아무도 사용할 수 없게 된다. 그러므로 문제된 특허와 관련 사업을 하는 동종업체들은 특허권자와 다른 업체와의 분쟁결과를 더욱 관심 있게 지켜보게 된다.

다음으로 공지기술과의 관계에 대한 측면이다. 소송에서 승소하기 위해서는 증거확보가 가장 중요하다. 일반불법행위소송과 특허침해소송의 증거확보 과정을 비교해보자. 일반불법행위소송의 증거는 양 당사자의 지배영역 내에만 존재한다. 결정적인 증거를 제3자가 가지고 있거나, 외국에 있는 경우는 극히 드물다. 반면 특허침해소송은 양 당사자가 대립하는 것은 동일하나, 승패를 가름하는 증거는 바로 공지기술로, 이는 당사자의 지배영역뿐 아니라 전 세계에 존재한다. 또한 소송이 계속되는 중에도 선행기술을 찾아보면서 유리한 증거를 계속 발견하게 된다. 따라서 양당사자는 지배영역 내의 증거 외에 세계에 펴져 있는 증거(공지기술)를 찾기 위해 심혈을 기울인다.

마지막으로 주요쟁점 사실의 차이점을 들 수 있다. 우선, 특허침해소송은 '불법행위 발생사실(특허침해사실)'이, 일반불법행위소송은 '원·피고의 과실비율'이 주요쟁점으로, 두 소송 간 실무에서 쟁점이 되는 주요사실에는 상당한 차이가 있다. 일례로 교통사고에 의한 불법행위소송은 교통사고가 발생했다는 불법행위 사실은 매우 명확해 당사자간 다툼의 여지가 없고, 단지 원·피고간에 누가 더 많은 과실이 있는지에 대해 여러 증거들을 제시하면서 다투게 된다. 즉, 보험회사끼리 서로 7 대 3, 6 대 4 등 과실의 비율을 다투는 것이 이 분쟁의 핵심이다. 이에 비해 특허침해소송은 '불법행위 발생사실(특허침해사실)' 자체가 불명확해 양당사자끼리 특허침해가 있었는지에 대해 여러 증거를 제시하면서 다투게 된다. 다시 말하면, 일반불법행위소송은 '원·피고의 과실비율'이 주요 쟁점이나, 특허침해소송은 '불법행위 발생사실(특허침해사실) 입증'이 주요쟁점이 된다. 또한, 특허침해소송은 일반불법행위소송과 달리 '불법행위사실(특허침해사실)'의 입증을 위한 '침해품 특정'이 선행돼야 한다. 즉, 일반불법행위소송은 불법행위사실의 입증을 위한 침해품 특정이 필요 없으나, 특허침해소송은 우선 특허 침해품을 특정한 후 특허와 침해품를 비교해 특허침해가 발생했음을 특허권자가 입증해야 한다.